L’OHM a été créé officiellement en octobre 2007. A l’origine, le projet a été conçu dans le cadre de l’Institut Fédératif de Recherche "Pôle Méditerranéen des Sciences de l’Environnement", devenu en janvier 2008 la fédération de recherche ECCOREV (FR 3098). L’animation, l’administration et le fonctionnement de l’Observatoire se situent actuellement au sein d’ ECCOREV, mais l’OHM possède sa propre gouvernance.
Le site du bassin minier de Provence a été choisi en raison :
- de l’ancienneté de l’exploitation minière sur ce territoire et de la fermeture récente des derniers puits (2003) ;
- de l’empreinte environnementale, économique et sociale de la mine et des activités industrielles connexes sur le territoire ;
- des transformations rapides qui ont accompagné la fermeture de la mine et en anticipation des changements futurs provoqués par les restructurations industrielles (celles qui concernent notamment l’avenir de la fabrication de l’alumine) ;
- de la diversité des disciplines scientifiques impliquées par l’observation et l’étude des processus d’adaptation au passage à "l’après mine".
La première phase de l’OHM (juillet 2007 - mai 2008) a consisté en de très nombreuses prises de contact avec des chercheurs et des organismes susceptibles d’être intéressés par cette démarche ou détenant des données utilisables pour la recherche. La deuxième phase a débuté en mai 2008 et correspond au démarrage concret des travaux, avec la mise en place d’un poste d’ingénieur dédié ainsi que celle des structures de gouvernance de l’Observatoire.
Chaque année depuis 2008, l’OHM encourage la recherche pluridisciplinaire à travers son Appel à Proposition de Recherche. Les équipes scientifiques peuvent ainsi engager des études de courte durée, préalables à la mise en place de projets plus conséquents. Depuis 2012, cet APR est mutualisé au sein du réseau des OHM, dans le cadre du Labex DRIIHM : https://www.driihm.fr/.